قال الدكتور محمود زكريا، أستاذ العلوم السياسية، إن حركة “شباب المجاهدين” كانت بمثابة الجناح العسكري لاتحاد المحاكم الإسلامية، ومع مرور الوقت وبالتحديد في عام 2007 بدأ يحدث نوعًا من الانشقاق والتصدع بين اتحاد المحاكم الإسلامية وحركة الشباب المجاهدين.