حدد القانون الصادر بقرار رئيس الجمهورية رقم 163 لسنة 2024، مهام المجلس الوطني للتعليم والبحث والابتكار في مواده. ألزمت المادة (6) من القانون بشأن إنشاء المجلس الوطني للتعليم والبحث والابتكار كل من المجلس الأعلى للأزهر، ومجلس شئون المعاهد العليا الخاصة، والمجلس الأعلى للجامعات، والمجلس الأعلى للتعليم