وتطور التنسيق الأمني، وتوسع بين الاحتلال الإسرائيلي والسلطة الفلسطينية بعد 3 أحداث حاسمة، هي وفاة الرئيس الفلسطيني ياسر عرفات عام 2004، والنصر الساحق الذي حققته "حماس" في انتخابات عام 2006 وتوليها الحكم في قطاع غزة عام 2007.

ووفقا لتقديرات قادة الاحتلال، فقد برز دور وأهمية التنسيق الأمني حتى عند التهديد بتعليقه من قبل السلطة، خلال عملية "كاسر الأمواج" حيث نفذت قوات الجيش حملات اقتحامات وتفتيشات واسعة بالضفة يوميا.

وخلال الاقتحامات اليومية، يُعْتَقَل نشطاء فلسطينيون من حركتي "حماس" و"الجهاد الإسلامي" وحتى من حركة "فتح"، حيث تتم هذه الحملات، بحسب الاحتلال "بناء على معلومات استخباراتية من الجيش والشاباك، وبالتنسيق مع أجهزة الأمن الفلسطينية، وذلك لتجنب الاحتكاك والصدام مع القوات العسكرية".