أثارت جدلًا واسعًا دعوى أطلقها مجموعة من المفكرين في العصر الحديث تدّعي أن الكواكبي هو رائد العلمانية العربية، وقد دفعت هذه القضية الباحث محمد عمارة إلى التفصيل في المسألة.