تؤدي البكتيريا والخميرة والفطريات -التي يشار إليها مجتمعة باسم ميكروبيوم الأمعاء- دورا مهما في الهضم وامتصاص العناصر الغذائية حركة الأمعاء، والصحة العقلية، والمناعة.